Cem anos se passaram desde a guerra entre os seres biológicos e a Aliança Robótica. A bordo da nave espacial «Fénix», Sapphire e a sua tripulação dão o seu melhor para resistir ao jugo da Aliança, que controla agora grande parte do universo. A «Team Phoenix» consegue resgatar o paciente Alpha, que na verdade é Atom, em coma há uma centena de anos. O cibercirurgião Black Jack recorre a Fire para alterar o estado do paciente, numa operação não isenta de riscos. Aliás, os perigos espreitam em várias frentes.